感冒后期会咳嗽的原因包括继发感染、呼吸道黏膜损伤、肺炎等。具体如下：
一、继发感染导致。感冒初期通常为病毒性感染，之后病情进展，在后期可能继发细菌性或支原体感染，从而出现咳嗽现象。患者需完善相关检查，若为细菌感染引起的咳嗽，需使用抗生素如头孢克肟、阿莫西林等进行治疗；若为支原体感染，则可使用阿奇霉素等治疗。
二、感冒引起呼吸道黏膜损伤导致。感冒会使呼吸道粘膜下神经出现异常刺激，大量炎症介质刺激会形成慢性炎症，进而出现刺激性干咳。可使用消炎药物如阿莫西林等治疗，也可采取雾化吸入的方法辅助治疗。
三、肺炎导致。感冒后期病情未得到有效控制时，细菌、病毒可能向下蔓延，导致下呼吸道感染，引发肺炎。治疗肺炎可使用左氧氟沙星、头孢噻肟等药物，一般使用约14天，同时要注意多休息，避免冷空气刺激等。
总之，当感冒后期出现咳嗽时，要明确具体原因，然后采取针对性的治疗措施。