隐睾是指睾丸未能按照正常发育过程从腹腔下降至阴囊，其成因较为复杂。一般认为，遗传因素可能起到一定作用，有研究显示约10% - 20%的隐睾患儿存在家族遗传倾向。
遗传因素相关
染色体异常影响： 某些染色体的异常改变可能干扰睾丸正常下降的调控机制。例如，性染色体异常等情况，会使得与睾丸下降相关的基因表达或功能出现异常，从而增加隐睾发生的风险。特定基因缺陷： 有一些特定的基因在睾丸下降过程中起着关键作用，若这些基因发生缺陷，就可能导致睾丸下降障碍。比如，与激素信号传导相关的基因等出现问题时，会影响睾丸正常下降至阴囊的过程。
激素分泌异常方面
促性腺激素缺乏： 促性腺激素包括黄体生成素（LH）和卵泡刺激素（FSH），它们对睾丸的发育和下降至关重要。如果胎儿时期垂体分泌的LH或FSH不足，就无法有效刺激睾丸间质细胞分泌雄激素，而雄激素对于睾丸下降是必需的，缺乏时就可能引发隐睾。雄激素不足： 即使促性腺激素分泌正常，但如果睾丸本身对雄激素不敏感，或者外周组织中雄激素转化出现异常，导致局部雄激素水平不足，也会影响睾丸正常下降至阴囊。例如，睾丸组织中的雄激素受体出现问题时，就会影响睾丸的正常位置发育。
解剖结构异常因素
腹膜鞘突未发育或异常： 腹膜鞘突是睾丸下降过程中伴随睾丸一起下降的结构，如果腹膜鞘突未正常发育或者出现闭锁异常等情况，就会阻碍睾丸下降至阴囊。比如，腹膜鞘突过早闭锁，就可能限制睾丸正常下降的路径。阴囊发育异常： 阴囊本身发育存在问题，如阴囊过小、阴囊腔隙异常等，也会影响睾丸正常进入阴囊。例如，阴囊腔隙狭窄，会使得睾丸难以顺利下降并停留于阴囊内。