做肠镜后肚子疼可能是以下原因导致：一是做肠镜打气引起胀气，二是肠镜对肠道造成损伤，三是肠炎。以下是具体的分析：
一、做肠镜打气引起胀气：在进行肠镜检查时，通常需要打气或者注水来撑开肠壁，以便更好地观察。这样就可能导致在检查结束后肠道内有残留的气体，从而引起肚子疼。对于这种情况，一般无需特殊治疗，可以通过适度运动、按摩腹部或是热敷腹部等方式来促进气体排出，进而缓解肚子疼的症状。
二、肠镜对肠道造成损伤：肠镜检查毕竟是有创操作，在操作过程中可能会接触并损伤肠道黏膜，致使肠道黏膜出现水肿等情况，进而引发肠镜后肚子疼。通常不用过于担心，这种疼痛一般在2至3天后可自行缓解。若疼痛较为明显，也可在医生指导下使用阿莫西林、肠炎宁等药物进行治疗。
三、肠炎：若本身就患有肠炎，在做完肠镜后可能会刺激到炎症部位，从而引起肚子疼。对此的治疗方法包括：
1.药物治疗：可在医生指导下使用5-氨基水杨酸、泼尼松、氢化可的松、地塞米松、硫唑嘌呤、环孢素A等药物。
2.手术治疗：可采用全结肠切除术和回肠J-囊袋肛门接合术、腹腔镜手术等方法。
总之，做肠镜后肚子疼可能由多种原因引起，需要根据具体情况进行相应的处理和治疗。如果疼痛持续不缓解或伴有其他异常症状，应及时就医。