治疗HPV目前并没有特定的抗病毒药物能直接将其清除，不过有一些药物可用于辅助治疗相关病变。比如干扰素类药物，它具有抗病毒、调节免疫等作用，可局部使用，像重组人干扰素α - 2b凝胶，部分人使用后可能对提高机体清除HPV有一定帮助，但具体效果因个体差异而异。
干扰素类药物作用
重组人干扰素α - 2b凝胶： 通过与细胞表面受体结合，激活细胞内抗病毒蛋白基因，抑制病毒复制，同时还能调节免疫功能，增强机体对HPV的清除能力。一般局部涂抹于患处，但效果存在个体差异，有的患者使用后可能看到一定改善，但不是所有人都能依靠它完全清除HPV。
外用药物辅助
咪喹莫特乳膏： 属于免疫调节剂，能刺激局部细胞因子产生，激活免疫系统来对抗HPV感染相关病变。它可用于治疗HPV引起的尖锐湿疣等病变，不过使用时要注意按照医生指导，避免接触周围正常皮肤，部分人使用后可能出现局部皮肤刺激症状，如红斑、糜烂等。
免疫增强相关药物
转移因子口服液： 可转移免疫信息，调节和增强机体细胞免疫功能，有助于机体更好地应对HPV感染。它能提高淋巴细胞免疫功能，但它只是辅助增强免疫，不能直接杀灭HPV，通常作为辅助治疗手段配合其他治疗措施一起使用。需要注意的是，目前对于大多数免疫力正常的人来说，人体自身免疫系统有能力在一定时间内清除HPV，只有少部分持续高危HPV感染的人群才需要借助药物等干预。而且药物治疗HPV都有一定局限性，不能保证所有人使用后都能达到理想效果，同时使用药物时要在医生指导下进行，不能自行随意用药，特别是孕妇、儿童等特殊人群更要谨慎选择药物及使用方式。