鼻窦炎手术后遗症发生率较低，常见后遗症有颅外病变和颅内病变等。
一、颅外病变：1.鼻窦炎手术一般指鼻内窥镜鼻窦开放手术，当前手术技术较为成熟，后遗症发生几率较低。但鼻窦与眼眶临近，术中若损伤周围组织，易引发颅外后遗症。(1)损伤鼻泪管，会使手术出现流泪、溢泪症状。(2)损伤眼眶纸样板，术后可能导致眼周肿胀、眼痛、视力下降等情况。(3)鼻腔黏膜损伤过多且术后治疗不彻底，可能造成术腔粘连、鼻腔过度通气等现象。(4)鼻窦炎合并鼻息肉病变时术后易出现病情复发现象。
二、颅内病变：鼻窦靠近颅底，若手术范围较广并损伤颅底，可能引发脑脊液鼻漏，继而导致颅内感染等后遗症。
总之，虽然鼻窦炎手术后遗症整体发生率不高，但仍需谨慎对待，医生应在手术中精细操作，尽量减少后遗症的发生。患者也应在术前充分了解相关风险。