衣原体和支原体在许多方面存在差异，属于微生物的不同类别，其区别类似细菌和病毒的区别。它们具体有以下不同点：
一、生存方式及培养：
1.衣原体没有产生能量如ATP的能力，不能独自生存，必须寄生在真核细胞内，且不能在培养基上培养；
2.支原体可以独立生存和繁衍，不依赖任何真核细胞，能够在培养基上培养。
二、致病性与分布：
1.衣原体具有致病性，且三种分型有不同分布，如肺炎衣原体只寄生于人类，而其他两型分布较广；
2.支原体广泛存在于人和动物体内，多数无致病性，有致病性的主要是肺炎支原体和生殖支原体。
三、细胞壁与抗生素有效性：
1.衣原体有细胞壁，作用于细胞壁的β-内酰胺类抗生素等对其感染有效；
2.支原体没有细胞壁，作用于细胞壁的抗生素对其无效，需针对症状使用左氧氟沙星等喹诺酮类抗生素。
总之，衣原体和支原体有着明显的区别，临床鉴别相对简单，不必过于担心误诊。