治疗霉菌性龟头炎需将外用抗真菌药物与隔离霉菌来源相结合进行治疗，必要时性伴侣也要同时接受治疗。
一、使用2%碳酸氢钠溶液清洗：
用2%碳酸氢钠溶液浸泡清洗包皮和阴茎头。霉菌性龟头炎的主要病原菌是霉菌，其中白色念珠菌最为常见。针对霉菌性龟头炎的治疗，建议先用碳酸氢钠溶液清洗，而后可涂抹派瑞松软膏或酮康唑软膏来予以治疗。
二、高锰酸钾稀释液：
可采用1:5000的高锰酸钾稀释液，稀释后将包皮龟头放入一次性杯子中进行泡洗，每日早晚各一次，每次泡洗5分钟，会有一定治疗效果。
三、涂抹克霉唑软膏：
克霉唑软膏属于咪唑类抗真菌药物，其主要成分就是克霉唑，具有一定的抗真菌作用，对皮肤癣菌、念珠菌等有着较好的杀灭效果。
四、口服氟康唑片：
氟康唑片有着良好的抗真菌功效，对念珠菌、毛癣菌属、表皮癣菌属及新型隐球菌等均有一定抗菌作用。在治疗期间要避免性生活以防止交叉感染，同时要注意清淡饮食，不可饮酒，不能食用辛辣刺激生冷性食物，以免加重病情。对于那些经常复发霉菌性龟头炎的患者，如果存在包皮过长的情况，最好进行包皮环切术，经过这样的治疗通常不会再复发。一些龟头炎的病因虽不太明确，但包皮过长以及包皮垢刺激多与龟头炎的发生有关，所以男性朋友应做好个人卫生，也应经常清洗下身，保持局部清洁，避免受到刺激。
总之，治疗霉菌性龟头炎要综合运用多种方法，并且要注意个人卫生等相关事项。