卵巢囊肿形成原因较为多样，其中生理性因素较为常见，比如在月经周期中，卵泡发育到一定阶段未正常排卵，就可能形成卵泡囊肿，这种情况通常会在2-3个月经周期内自行消失。
生理性因素相关
卵泡囊肿： 女性每个月经周期都会有卵泡发育，一般优势卵泡会排卵，如果卵泡没有正常排卵，持续增大就形成卵泡囊肿，通常直径多在5厘米以内，多数无明显症状，多在超声检查时发现。黄体囊肿： 排卵后卵泡壁塌陷形成黄体，如果黄体持续存在或持续增大，就会形成黄体囊肿。一般在妊娠早期也可能出现黄体囊肿，大多可在妊娠3个月后自行消失。
病理性因素相关
子宫内膜异位囊肿： 子宫内膜组织出现在卵巢上，随着月经周期反复出血，就会形成囊肿，囊肿内含有类似巧克力样的陈旧血性液体，所以也叫巧克力囊肿。这种囊肿会逐渐增大，可能引起痛经进行性加重、不孕等问题。炎症性囊肿： 盆腔炎症累及卵巢，使卵巢与周围组织粘连，炎性渗出物积聚形成囊肿。比如输卵管卵巢脓肿，经抗炎治疗后，脓肿吸收但遗留囊肿。
其他因素相关
内分泌因素： 过多的雄激素可能会影响卵巢的正常功能，导致卵巢囊肿形成。比如患有多囊卵巢综合征的女性，就常伴有卵巢囊肿的情况，这类患者往往还伴有月经不调、多毛等表现。遗传因素： 部分卵巢囊肿与遗传有关，比如某些遗传性综合征相关的卵巢囊肿，有家族遗传倾向，家族中有相关病史的人群患病风险相对较高。