脚底及脚底两侧起小水泡很痒，可能是以下原因导致的：
1.足癣：由真菌感染引起，具有传染性。常发生在单侧足底，也可能双侧同时受累。初期表现为针尖大小的深在水疱，疱液清，壁厚而发亮，不易破溃，水疱可融合成多房性水疱，撕去疱壁，可见蜂窝状基底及鲜红色糜烂面，剧烈瘙痒。水疱干涸后出现脱屑，若继发细菌感染，可出现脓疱、渗出、结痂、臭味等。足癣的治疗以外用药物为主，可根据不同临床类型选择不同的剂型。常用的药物包括咪唑类（如克霉唑、酮康唑等）、丙烯胺类（如特比萘芬、布替萘芬等）等。
2.湿疹：是由多种内外因素引起的皮肤炎症反应。病因复杂，与过敏、自身免疫、环境、感染、饮食等因素有关。可发生于任何部位，常见于手足、小腿、肘窝、腘窝、乳房、外阴、肛门等。表现为对称分布的多形性皮疹，红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂、脱屑等，伴有瘙痒。湿疹的治疗原则是寻找病因，避免各种可疑的致病因素，避免搔抓，避免过度洗烫，根据皮损情况选择合适的剂型和药物。常用的药物有糖皮质激素、免疫抑制剂、抗生素等。
3.汗疱疹：是一种对称发生在手掌、足底和手指、足趾屈侧皮肤的水疱性皮肤病，可能与局部过敏、皮肤癣菌感染、精神因素、系统性疾病、遗传等因素有关。夏季多见，水疱干涸后会出现脱屑，伴有不同程度的瘙痒和烧灼感。汗疱疹的治疗主要是对症处理，避免接触刺激性物质，保持皮肤清洁干燥，避免搔抓。水疱未破时，可外用炉甘石洗剂；水疱较大时，可外用硼酸溶液湿敷；脱皮时，可外用糖皮质激素软膏或尿素软膏。
如果脚底及脚底两侧起小水泡很痒，建议及时就医，明确诊断，在医生的指导下进行治疗。同时，要注意个人卫生，保持皮肤清洁干燥，避免搔抓，避免接触刺激性物质，避免食用辛辣刺激性食物。