性交会痛的原因有多种。比如女性方面，可能是妇科炎症导致，像盆腔炎，据统计约有10% - 15%的女性曾受盆腔炎困扰，它会使盆腔组织充血，性交时刺激就易引发疼痛；还有阴道炎，不同类型的阴道炎，如霉菌性阴道炎，阴道黏膜会充血、水肿，性交摩擦后疼痛明显。
女性生殖系统局部原因
阴道炎因素： 除了霉菌性阴道炎，细菌性阴道炎也会引起性交痛。细菌性阴道炎是阴道内正常菌群失调所致，阴道内厌氧菌等增多，性交时炎症部位受刺激就会疼痛。而且阴道炎患者阴道分泌物性状改变，如细菌性阴道炎分泌物多呈灰白色、稀薄状，也会影响性交感受。宫颈炎因素： 宫颈炎症时，宫颈组织比较脆弱，性交过程中阴茎接触宫颈，容易导致接触性疼痛，慢性宫颈炎患者相对更常见这种情况。
男性生殖系统相关原因
包皮过长或包茎问题： 男性包皮过长时，包皮垢堆积易引发炎症，如包皮龟头炎，炎症发作时性交会疼痛。据男科门诊统计，约有20%左右的男性存在包皮过长或包茎情况，长期不处理易引发感染导致性交痛。前列腺炎影响： 前列腺炎患者前列腺处于充血状态，性交时前列腺收缩，会加重充血，从而出现性交后会阴、阴茎等部位疼痛，慢性前列腺炎患者中约有30% - 40%会有不同程度的性交痛表现。
心理因素导致
长期的精神压力、焦虑、抑郁等心理状态可能影响性交时的感受，导致出现性交痛。比如一些新婚夫妇，由于紧张、焦虑等心理，可能在初次性交时就出现疼痛情况，这种心理因素导致的性交痛，通过心理调节、夫妻间沟通等可能会改善。