脸上起扁平疣可通过如下方式治疗：一、药物治疗：若扁平疣不太严重，常可外用诸如水杨酸软膏、维A酸软膏或咪喹莫特乳膏进行涂抹，这样能起到去除扁平疣的作用，有助于症状的恢复。水杨酸软膏可软化角质，促进扁平疣的消退；维A酸软膏能调节表皮细胞的增殖和分化，对扁平疣有一定疗效；咪喹莫特乳膏可诱导局部免疫反应，从而去除扁平疣。二、激光治疗：一般当扁平疣数目较少时，可采用激光手术治疗，利用高温使皮损组织碳化，进而达到去除的效果。激光具有精准性高、创伤小等优点。三、液氮冷冻治疗：通过低温使组织坏死脱落，能够实现去除扁平疣的目的，其操作简便，也较为安全。液氮冷冻可使扁平疣细胞内形成冰晶，破坏细胞结构。
总结提示：扁平疣的治疗方法多样，可根据具体病情选择合适的治疗方式，同时治疗过程中需注意观察不良反应，如有异常应及时就医处理。