自然流产的原因较多，约50% - 60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关。
染色体异常因素
胚胎染色体数目异常： 常见的有三体、单体等情况。比如21 - 三体综合征相关的胚胎就容易发生自然流产，这是由于胚胎在发育过程中染色体分裂异常导致染色体数目出现错误。胚胎染色体结构异常： 像染色体缺失、易位等结构方面的异常也会引发自然流产。例如平衡易位的携带者孕育的胚胎，其染色体结构不正常，难以正常发育从而导致流产。
母体因素影响
内分泌失调： 黄体功能不全是比较常见的情况，约占30% - 40%。黄体分泌的孕酮不足，无法维持子宫内膜的正常蜕膜化，影响胚胎着床和发育，就容易导致流产。甲状腺功能异常也与之相关，甲状腺功能减退或亢进都可能干扰胚胎的正常发育进程，增加自然流产风险。生殖器官异常： 子宫畸形如纵隔子宫、单角子宫等，会影响子宫的宫腔形态和容积，使胚胎着床环境不佳。子宫肌瘤尤其是黏膜下肌瘤，会影响子宫内环境，阻碍胚胎生长，增加流产几率。
免疫因素作用
自身免疫异常： 母体存在抗磷脂抗体综合征时，体内的抗磷脂抗体可与胎盘滋养细胞结合，影响胎盘的血管形成，导致胎盘缺血、缺氧，从而引发自然流产。系统性红斑狼疮等自身免疫性疾病患者，自身免疫系统攻击自身组织，也会对胚胎造成不良影响，增加自然流产发生的可能性。同种免疫异常： 母体对胚胎免疫耐受不足，母体免疫系统将胚胎视为“异物”进行攻击，使得胚胎无法在子宫内正常存活，进而导致自然流产。比如母胎界面免疫调节失衡，就可能引发这种同种免疫相关的自然流产情况。
环境因素干扰
化学物质接触： 长期接触铅、汞、苯等有毒化学物质，会影响胚胎的正常发育，增加自然流产的发生风险。例如在一些化工行业工作的人群，长期接触相关化学物质，自然流产的发生率相对较高。辐射影响： 过量的电离辐射，像孕妇接受X线检查等，会损伤胚胎的细胞结构和遗传物质，导致胚胎发育异常，引发自然流产。如果孕妇在不知情的情况下接受了较大剂量的辐射暴露，就可能面临自然流产的风险。