乙肝抗病毒治疗常用的药物有核苷（酸）类似物和干扰素两类。目前没有绝对意义上“最好”的药，需根据患者具体情况选择。一般来说，核苷（酸）类似物中的恩替卡韦和替诺福韦酯应用较为广泛，恩替卡韦起效相对较快，替诺福韦酯对肾脏和骨骼影响较小的证据相对较多。
核苷（酸）类似物类药物
恩替卡韦： 是一种强效抑制乙肝病毒复制的药物，能快速降低乙肝病毒DNA水平。一般用药后数月内可显著抑制病毒复制，但长期使用需注意可能出现病毒变异情况，不过发生变异的概率相对较低。替诺福韦酯： 对乙肝病毒的抑制作用持久，而且对拉米夫定、阿德福韦酯等耐药的患者仍有效。其对骨骼和肾脏的潜在影响需关注，不过随着用药监测的完善，目前在规范使用下风险可控。
干扰素类药物
普通干扰素： 需要每周皮下注射，用药过程中可能会出现流感样症状，如发热、头痛、肌肉酸痛等，一般在用药初期较常见，多数人可逐渐耐受。而且普通干扰素的不良反应相对较多，但部分患者停药后有较高的乙肝表面抗原转阴率。聚乙二醇干扰素： 是长效干扰素，每周注射一次即可，相比普通干扰素，其不良反应相对普通干扰素有所减轻，但价格相对较高。不过它的抗病毒作用持续时间较长，部分患者有较好的治疗效果。
不同人群的用药考量
肝功能代偿期患者： 对于一般的肝功能代偿期乙肝患者，医生会综合考虑病毒载量、e抗原状态等因素来选择药物。如果患者年轻、希望较快抑制病毒，可能优先考虑恩替卡韦；如果患者有肾脏基础疾病，可能更倾向于替诺福韦酯。肝功能失代偿期患者： 这类患者使用核苷（酸）类似物相对更安全，一般不建议使用干扰素，因为干扰素可能会加重病情或引发较严重的不良反应。