细菌性龟头炎和霉菌性龟头炎在病因、症状、实验室检查方面有区别。首段：细菌性龟头炎多因细菌感染引起，比如大肠杆菌等感染，而霉菌性龟头炎通常是白色念珠菌等真菌感染导致，一般来说，细菌性龟头炎约占龟头炎患者的60%左右，霉菌性龟头炎约占30%左右。
病因方面
细菌性龟头炎：多是由于局部卫生状况差，比如不经常清洗阴茎，导致细菌滋生繁殖引发感染，常见的致病菌有大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等。也可能是因为有不洁性行为，接触到带有细菌的病原体而感染。霉菌性龟头炎：往往是自身抵抗力下降时，霉菌大量繁殖引起感染，比如长期应用抗生素、糖尿病患者血糖控制不佳等情况，容易诱发霉菌性龟头炎，主要致病菌是白色念珠菌。
症状表现
细菌性龟头炎：患者龟头部位会出现红肿、疼痛，局部可能有脓性分泌物，分泌物一般比较黏稠，有异味。病情严重时可能会有局部溃疡形成。霉菌性龟头炎：龟头部位通常会有瘙痒感，而且瘙痒比较明显，局部可能有红斑，红斑周围可能有小丘疹，有时会有白色奶酪样的分泌物，分泌物容易清洗掉，但容易复发。
实验室检查
细菌性龟头炎：进行分泌物涂片检查时，可发现大量的细菌，通过细菌培养可以明确具体的致病菌种类。霉菌性龟头炎：分泌物涂片检查可看到念珠菌孢子或菌丝，真菌培养能培养出白色念珠菌等真菌。