龟头流脓并小便刺痛可能由尿道炎、淋病、龟头炎导致。具体如下：
一、尿道炎：可能因细菌或支原体感染引发。其主要表现为小便刺痛，尿道口还会流脓。可在医生指导下使用药物治疗，如左氧氟沙星片、阿奇霉素片等。
1.左氧氟沙星片：具有广谱抗菌作用。
2.阿奇霉素片：对多种病原体有抑制作用。
二、淋病：通常由淋球菌感染引起，且可通过性生活传播。男性一般会有尿道口灼热、排尿疼痛，尿道口出现脓性分泌物等症状。可使用头孢曲松、大观霉素等药物进行治疗。
1.头孢曲松：是一种常用的抗菌药物。
2.大观霉素：对淋病有较好疗效。
三、龟头炎：多由细菌感染引起。会导致龟头流脓，受小便刺激可引起刺痛。可使用温水清洗，外用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等。
1.红霉素软膏：有抗菌消炎的作用。
2.莫匹罗星软膏：可用于细菌感染的治疗。
总之，当出现龟头流脓并小便刺痛时，应及时就医，明确病因后进行针对性治疗，同时要注意个人卫生，避免不洁性行为。