舒肝解郁胶囊在临床应用中相对较为安全，但也可能存在一些副作用。一般来说，其常见的副作用发生率相对较低，不过不同个体反应可能有所差异。
胃肠道方面的副作用
消化系统不适：部分人服用后可能出现恶心、呕吐的情况。比如有少量患者在用药后1-2天内会感觉胃部不适，出现恶心症状，个别人可能还会伴随呕吐现象，但通常程度较轻。食欲变化：少数人可能会出现食欲减退的情况，表现为原本的进食欲望降低，食量较之前有所减少。
神经系统相关副作用
头晕乏力：有一些患者在服用舒肝解郁胶囊后会感到头晕，精神状态相对较差，容易出现乏力的感觉，影响日常的活动状态，不过这种头晕乏力一般程度较轻，多数在休息后可缓解。嗜睡表现：个别患者可能会出现嗜睡的情况，比如原本清醒的状态下，会比平时更容易犯困，睡眠时间可能会相对延长或者有总想睡觉的感觉。
其他可能的副作用
皮肤反应：极个别人可能会出现皮肤瘙痒的情况，皮肤表面可能没有明显的皮疹等表现，但会有瘙痒的主观感受。情绪方面影响：虽然比较少见，但也有报道极少数人在服药后可能会出现情绪方面的细微变化，比如原本比较稳定的情绪可能会有稍微波动，但一般不会有严重的精神症状出现。不过如果在服药过程中出现任何异常不适且持续不缓解或加重，都应及时就医咨询医生。