皮肤小囊肿的治疗方式需根据具体情况而定。一般来说，较小且无症状的皮肤小囊肿可以先观察，而有症状或较大的囊肿可能需要手术等治疗。
观察等待情况
对于一些非常小且没有任何不适症状的皮肤小囊肿，比如直径在1厘米以内，而且没有红肿、疼痛等表现的表皮样囊肿等，医生可能会建议观察等待。在观察期间要注意避免频繁刺激囊肿，比如不要老是用手去挤压它等。通常需要定期（比如每1 - 3个月）到医院让医生进行检查，观察囊肿是否有变化。
手术治疗情况
手术切除适用情况
如果皮肤小囊肿逐渐增大，直径超过1 - 2厘米，或者出现了疼痛、红肿、感染等情况，这时候通常会考虑手术切除。手术切除是比较彻底的治疗方法。一般在局部麻醉下就可以进行手术，手术过程相对简单。术后需要注意保持伤口清洁干燥，按照医生的要求按时换药等。一般术后1周左右伤口可以愈合拆线。
手术切除注意事项
在手术前，患者需要告知医生自己的过敏史等情况。如果囊肿有感染，需要先控制感染后再进行手术。手术后要避免剧烈运动，防止伤口裂开等情况发生。
其他治疗情况
激光治疗情况
对于一些较小的皮肤囊肿，也可以考虑激光治疗。比如一些皮脂腺囊肿等，激光治疗可以通过高温破坏囊肿组织。不过激光治疗后也需要注意局部护理，避免感染等情况。一般激光治疗后局部会有结痂，要让结痂自然脱落，不要过早去抠掉结痂，以免影响恢复和留下疤痕。
激光治疗的局限性
激光治疗对于较大的囊肿可能效果不佳，而且对于一些位置较深的囊肿，激光治疗可能不能完全清除囊肿组织。所以对于较大或者位置较深的囊肿，还是更倾向于手术切除。