九价和四价宫颈癌疫苗主要在预防病毒类型、适用年龄和价格上有区别。九价疫苗能预防6、11、16、18、31、33、45、52、58型共9种HPV病毒，四价疫苗预防6、11、16、18型4种HPV病毒。九价适用年龄是16~26岁，四价是20~45岁。价格方面，九价疫苗价格通常在1300~1500元/针左右，全程3针大概4000元左右；四价疫苗价格一般在800~1000元/针，全程3针约3000元。
预防病毒类型不同
九价疫苗：能预防6、11、16、18、31、33、45、52、58型HPV病毒。其中16、18型属于高危型，能预防约90%的宫颈癌；6、11型属于低危型，能预防约90%的尖锐湿疣。四价疫苗：预防6、11、16、18型HPV病毒。16、18型高危病毒可预防约70%的宫颈癌，6、11型低危病毒可预防约90%的尖锐湿疣。
适用年龄范围有差异
九价疫苗：适用年龄是16~26岁的女性。这个年龄段的女性接种九价疫苗能更好地发挥预防作用，因为在有性生活之前接种效果相对更佳。四价疫苗：适用年龄是20~45岁的女性。年龄范围相对更广一些，超过26岁但在45岁以内的女性也可以选择接种四价疫苗来预防相关HPV病毒感染。
价格方面不一样
九价疫苗价格：目前国内九价宫颈癌疫苗每针价格通常在1300~1500元左右，全程需要接种3针，所以总共大概需要4000元左右。不过不同地区、不同接种机构可能会有一定差异，但总体价格相对较高。四价疫苗价格：四价宫颈癌疫苗每针价格一般在800~1000元左右，全程3针下来大约需要3000元。相比九价疫苗，四价疫苗的价格会低一些。