胃肠间质瘤的症状表现多样，部分患者可能没有明显症状，而是在体检或其他检查时偶然发现。但也有一些患者会出现以下情况。
常见消化道相关症状
腹部不适： 约有相当比例的患者会感到腹部隐痛或胀痛，这种不适可能没有特定的规律，时轻时重。比如有的患者会感觉上腹部隐隐作痛，持续一段时间后可能会缓解，但过段时间又会出现。消化道出血： 少量出血时可能仅表现为大便隐血阳性，也就是通过粪便检测能发现有微量出血。而如果出血量稍多些，大便会呈现黑色，也就是所谓的黑便；严重时可能会有呕血的情况，呕出的血液可能是暗红色或者鲜红色。
肿瘤增大引发的症状
腹部包块： 当肿瘤生长到一定大小，在腹部有可能摸到包块。包块的质地、活动度等因肿瘤情况而异，有的包块可能较硬，活动度较差。比如较大的胃肠间质瘤，在腹部能触摸到明显的肿块。压迫症状： 如果肿瘤压迫周围组织器官，可能会出现相应症状。若压迫肠道，可能导致肠道梗阻，出现腹痛、腹胀、恶心、呕吐、停止排气排便等肠梗阻表现；压迫胆道时，可能引起黄疸等症状。
全身表现
发热： 部分患者可能会出现低热，体温一般在37.5℃~38℃左右，这种发热可能没有其他明显感染灶导致的伴随症状，如咳嗽、咳痰等。消瘦： 随着病情进展，患者可能会出现消瘦的情况，体重逐渐下降。这是因为肿瘤消耗身体能量，再加上患者可能食欲受到影响等多种因素导致。胃肠间质瘤的症状个体差异较大，有些患者症状不典型，容易被忽视，所以如果出现上述相关异常表现，应及时就医进行检查，以便早期发现和诊断胃肠间质瘤。