怀孕初期小腹隐隐作痛且伴有褐色分泌物，可能与以下情况有关。
一、先兆流产：
1.腹部以及下背可能出现持续疼痛，同时可能会诱发阴道排出血块、浅灰色组织以及褐色分泌物等不良症状。
2.发生这种情况需要及时就医检查，配合医生进行对症治疗，比如可能会使用一些保胎药物等。
二、宫外孕：
1.宫外孕的典型症状是停经后腹痛与阴道流血流出褐色分泌物。
2.在严重情况下，如果宫外孕导致腹腔内出血，出血量多可能会造成晕厥和休克。因为腹腔内急性出血会引发剧烈腹痛，血容量减少，轻则导致晕厥，重则出现休克。这种情况必须要马上就医。
三、胚胎停止发育：
1.常常是由于胚胎基因缺失所引起，进而会分泌出一些褐色分泌物。
2.出现这种情况要及时到医院进行清宫手术，以避免引起凝血功能障碍。
总之，怀孕初期出现小腹隐痛伴褐色分泌物是需要引起重视的异常情况，应及时就医明确原因，并根据具体情况采取相应的治疗措施。