新生儿呕吐主要原因有多种，其中喂养不当较为常见，比如喂奶过快、奶量过多等情况，约有10% - 20%的新生儿呕吐是因喂养不当引起。
一、消化道自身因素导致
1. 食管问题
新生儿食管下括约肌发育不完善，容易出现反流现象，从而引发呕吐。这种情况在出生后的前几个月较为常见，约30%的新生儿会有不同程度的食管反流导致的呕吐。例如，新生儿平卧时，胃内容物容易通过发育不完善的食管下括约肌反流至口腔，引起呕吐。
2. 胃部问题
新生儿胃呈水平位，且容量较小，约为30 - 60毫升，这使得胃的排空速度相对较快，容易出现呕吐。另外，幽门痉挛也可能导致呕吐，幽门是胃与十二指肠连接的部位，幽门痉挛时会引起食物通过受阻，进而引发呕吐，约5% - 10%的新生儿呕吐与幽门痉挛有关。
二、感染因素引起
1. 胃肠道感染
新生儿免疫系统尚未完全发育，容易受到细菌或病毒感染引发胃肠道炎症。比如，轮状病毒感染是新生儿胃肠道感染的常见原因之一，感染后除了呕吐，还常伴有腹泻、发热等症状，约15%的因感染导致呕吐的新生儿是由轮状病毒引起。
2. 其他系统感染
当新生儿有呼吸道感染等其他系统感染时，也可能出现呕吐症状。这是因为感染引起的发热、毒素吸收等因素影响了胃肠道的功能，导致呕吐发生，约有5% - 10%的新生儿呕吐是由其他系统感染间接引起。
三、先天性消化道畸形导致
1. 食管闭锁
这是一种较为严重的先天性消化道畸形，约占新生儿消化道畸形的1% - 2%。患儿出生后即出现唾液增多，频繁呕吐，呕吐物为黏液样物，如不及时治疗会危及生命。
2. 先天性幽门肥厚性狭窄
多在出生后2 - 4周出现呕吐，呕吐呈进行性加重，呕吐物为奶液，含有胆汁，腹部可摸到橄榄样肿块，约2% - 3%的新生儿呕吐是由先天性幽门肥厚性狭窄引起。
3. 肠旋转不良
也是新生儿常见的先天性消化道畸形之一，出生后数日内出现呕吐，呕吐物为胆汁样，可伴有腹胀等症状，约1% - 2%的新生儿呕吐与此畸形有关。