怀孕40天有褐色东西流出，其原因包括生理性出血、先兆流产、异位妊娠等：
一、生理性出血：怀孕40天出现褐色东西流出，有可能是受精卵着床时与子宫摩擦产生少量血迹，从而出现褐色液体。这种情况通常无需特殊处理，一般持续2至3天就会消失。在此期间，建议卧床静养，保证充足的休息。
二、先兆流产：会有停经后腹痛以及阴道少量出血的症状表现。经超声确认是宫内怀孕后，可遵医嘱使用地屈孕酮片、黄体酮等药物进行保胎治疗。一般经过7至14天的治疗，症状会有所缓解。
三、异位妊娠：在孕早期会有阴道出血和下腹疼痛以及阴道少量出血的情况。可通过超声来判断是否为异位妊娠。针对异位妊娠，可遵医嘱应用米非司酮、甲氨蝶呤等药物进行治疗，也可选择宫腔镜下输卵管切除术或是卵巢部分切除术等手术方式进行治疗。同时要注意多休息，保持营养均衡的饮食，注重清洁卫生以避免感染。
总之，怀孕40天出现褐色分泌物时，要及时明确原因，并根据具体情况采取相应的措施。