全飞秒激光近视手术一般来说出现严重后遗症的概率较低，但也可能存在一些情况。据临床数据，全飞秒手术的不良反应发生率约在5%左右，大多为较轻的情况。
视力相关情况
术后视力回退： 极少数人可能出现视力回退现象，一般回退幅度较小，通常不超过0.5屈光度。这可能与个体的眼部修复反应、用眼习惯等有关。如果术后不注意合理用眼，长期近距离用眼过度等，就可能增加视力回退的风险。夜间视力问题： 部分人在术后可能会出现夜间视力下降的情况，比如夜间开车时，觉得光线周围有光晕等。这是因为手术改变了角膜的形态，在暗光环境下，可能会影响视觉质量，但大多数人随着时间推移会逐渐适应，这种情况一般会在3~6个月左右有所改善。
眼部不适方面
干眼问题： 术后比较常见的是干眼，约有20%~30%的人会出现不同程度的干眼症状。表现为眼睛干涩、异物感等。这是因为手术会切断部分角膜神经，影响泪液分泌，一般可以通过使用人工泪液等进行缓解，通常在1~3个月内会逐渐减轻。畏光现象： 术后早期可能会有畏光的情况，尤其是在光线较强时，眼睛会比较敏感。一般随着角膜的恢复，畏光症状会在1~2周左右逐渐减轻。
感染风险
感染可能性： 虽然全飞秒手术是相对安全的，但仍存在极微小的感染风险，概率约在0.1%以下。主要是因为手术过程中如果眼部消毒不彻底，或者术后不注意眼部卫生，用手揉眼等，就可能引发眼部感染。所以术后要严格按照医嘱使用抗生素眼药水，保持眼部清洁，避免用手触碰眼睛。
角膜相关情况
角膜瓣相关（全飞秒无瓣）： 全飞秒手术是不需要制作角膜瓣的，相对来说避免了角膜瓣相关的一些并发症，比如角膜瓣移位等，但也可能存在角膜切削不均匀等情况，不过这种概率非常低，约为0.05%左右。只要是正规医院经验丰富的医生操作，能大大降低这类风险。