流产干净后出现褐色分泌物，可能是子宫复旧不良导致的。一般来说，流产后宫腔少量积血排出会持续数天，通常不超过2周。
子宫复旧不完全
胎盘附着部位修复： 流产后，胎盘附着部位需要修复，这个过程中可能会有少量出血，表现为褐色分泌物。一般子宫复旧需要6 - 8周时间，在复旧不完全时就可能出现这种情况。子宫内膜修复： 流产会对子宫内膜造成一定损伤，子宫内膜修复过程中也可能有少量出血，从而出现褐色分泌物，通常子宫内膜完全修复需要1个月左右。
宫腔少量残留组织
蜕膜组织残留： 流产后，部分蜕膜组织可能没有完全排出，残留的蜕膜组织会影响子宫收缩，导致持续有褐色分泌物排出。炎性渗出物夹杂： 残留的蜕膜组织可能会引起宫腔局部炎症反应，炎性渗出物与少量血液混合，就会表现为褐色分泌物。
感染因素
子宫内膜炎： 流产后如果不注意卫生，细菌等病原体容易侵入宫腔，引发子宫内膜炎，炎症刺激会导致子宫内膜充血、渗出，出现褐色分泌物，同时可能伴有下腹部疼痛、发热等症状。宫颈炎蔓延： 宫颈部位的炎症如果蔓延至宫腔，也可能影响子宫恢复，导致流产干净后仍有褐色分泌物，还可能伴有白带增多等表现。