三个月宝宝流清鼻涕时不可以打疫苗。宝宝流清鼻涕多由感冒引起，而感冒属于急性感染，在此期间接种疫苗可能会加重感冒症状，或影响疫苗接种效果。以下是具体分析和建议：
1.加重感冒症状：宝宝接种疫苗后，可能会出现低热、乏力等不良反应，与感冒症状相似，不易区分，从而影响对病情的判断。此外，接种疫苗后，宝宝的免疫力可能会暂时下降，导致原有感冒症状加重，如咳嗽、流涕增多，或出现发热、呕吐、腹泻等其他症状。
2.影响疫苗效果：宝宝感冒时，身体抵抗力较弱，可能会影响疫苗的免疫效果，导致接种失败或无法产生足够的抗体。
因此，建议在宝宝流清鼻涕症状消失后，再等待1~2周，确认身体恢复健康后，前往预防接种门诊补种疫苗。在等待期间，应注意保持宝宝的鼻腔清洁，及时清理鼻涕，保持呼吸道通畅。同时，要密切观察宝宝的病情变化，确保宝宝的健康状况良好。如果宝宝的感冒症状持续加重或出现其他异常情况，应及时就医，并告知医生宝宝的疫苗接种情况，以便医生进行合理的治疗和处理。