男性感染HPV后，表现多样。部分男性感染低危型HPV可能会在外生殖器等部位出现疣状病变，比如常见的生殖器疣，潜伏期一般为1~8个月。
皮肤黏膜表现
寻常疣： 多发生在手部等部位，表现为黄豆大小的丘疹，表面粗糙，质地坚硬，呈灰褐色或正常肤色。扁平疣： 好发于面部、手背等，一般为米粒至黄豆大小的扁平隆起性丘疹，表面光滑，呈圆形、椭圆形或多角形，正常肤色或淡褐色。
生殖器部位表现
低危型HPV感染生殖器： 最常见的是引起尖锐湿疣，通常发生在阴茎、阴囊、肛周等部位，初期为细小淡红色丘疹，逐渐增大增多，表面凹凸不平，湿润柔软，呈乳头样、菜花样或鸡冠样突起，颜色可为红色、污灰色或正常肤色。高危型HPV持续感染： 一般早期可能没有明显症状，但长期持续感染高危型HPV可能增加患阴茎癌等恶性肿瘤的风险，不过这种情况相对较少见。
无症状携带情况
部分男性感染HPV后可能处于潜伏期，没有任何明显的症状和体征，但仍具有传染性，可通过性接触等途径传播给他人。而且有相当一部分人感染HPV后，自身免疫系统可将病毒清除，不会出现明显的临床表现。