13价肺炎疫苗常见的副作用一般比较轻微，多数在接种后1-2天内出现。比如局部可能出现红肿、疼痛，一般发生率在10%左右；全身方面可能有发热，体温多为低热，体温在37.5℃-38.5℃之间的情况占比约为10%-15%。
局部副作用表现：
接种部位红肿： 接种13价肺炎疫苗后，约有10%左右的受种者会出现接种部位红肿的情况。红肿范围一般比较局限，直径多在2-5厘米左右。接种部位疼痛： 大约10%-15%的人会感觉接种部位有疼痛，这种疼痛一般是轻度或中度，大多在接种后1-2天内缓解。
全身副作用表现：
发热： 接种后出现发热的概率在10%-15%，多数为低热，体温通常在37.5℃-38.5℃之间，一般持续1-2天就会自行消退。烦躁不安： 少数接种者可能会出现烦躁不安的情况，尤其是婴幼儿，可能会比平时更吵闹，不过这种情况相对较少见，发生率低于5%。
特殊人群副作用情况：
婴幼儿： 6周-18月龄的婴幼儿接种13价肺炎疫苗后，副作用的表现可能相对更明显一些。比如发热的概率可能略高于整体人群，但大多也是低热为主。过敏体质者： 本身是过敏体质的人群接种13价肺炎疫苗后，出现副作用的风险可能会增加。除了局部红肿疼痛、发热等常见副作用外，过敏体质者更有可能出现较为严重的过敏反应，虽然这种严重过敏反应的发生率极低，约为百万分之几，但一旦发生需要及时就医处理。