新型冠状病毒感染二次阳性后出现腰疼可能是以下原因：一是过度劳累，二是着凉，三是腰肌劳损，四是高热，五是腰椎间盘突出。
一、过度劳累：感染新型冠状病毒二次阳性后，身体通常较为虚弱。若此时进行了剧烈运动，导致腰部过度劳累，就容易引发腰疼症状。
二、着凉：在感染期间，若没有做好腰部保暖，使其受到凉刺激，也可能引起腰疼，往往还会伴有身体发冷的情况。
三、腰肌劳损：如果长期从事重体力劳动，感染后可能引发腰肌劳损，进而导致局部出现无菌性炎症，炎症刺激会导致疼痛产生。
四、高热：新型冠状病毒感染期间会使机体高热，体温升高会加速新陈代谢，腰部肌肉无氧呼吸会导致乳酸分泌增多，从而引起局部酸痛。
五、腰椎间盘突出：若患者平时生活习惯不佳，经常久坐，在新型冠状病毒感染后出现腰椎间盘突出，由于椎间盘会对神经产生压迫，患者就会感觉到局部疼痛。
日常生活中要加强运动锻炼以提升个人体质，避免久坐久站，预防腰部退行性病变，同时要戴好口罩，预防新型冠状病毒感染。