肛门疼痛的病因可能有以下几种：
1.肛裂：肛管皮肤全层纵行裂开所形成的小溃疡，呈梭形或椭圆形，常引起肛门疼痛。好发于青壮年，儿童也可发生，老年人较少见。肛裂常发于肛门后、前正中，以肛门后部居多，两侧的较少。初起仅在肛管皮肤上有一小裂口，有时可裂到皮下组织或直至括约肌浅层，裂口呈线形或棱形，如将肛门张开，裂口的创面即成圆形或椭圆形。肛裂多由血热肠燥，大便秘结，排便过于用力，使肛门皮肤破裂，反复而发病。
2.肛窦炎：肛窦炎是引起肛门部下坠疼痛的最常见原因。另外，肛窦与肛瓣发炎也叫肛隐窝炎，进一步可发展成肛周脓肿。
3.血栓性外痔：轻者有异物感，大多伴有胀痛。由于肛周静脉血管破损，血块凝结而成血栓，在肛门外皮下出现青紫圆形硬结节，一般在截石位3点、9点处。
4.肛管恶变：肛管恶变自己不容易发现，早期可以有肛门下坠、排便次数增多、排便不尽感，便意频频，里急后重等症状，进一步发展可以出现脓血便，肛管直肠四面癌肿突出到肠腔，继发感染、坏死，肛管直肠四面脓肿形成。
5.肛门脓肿：肛门周围脓肿是引起肛门疼痛的常见原因。因肛旁脓肿的发生部位、脓肿大小、致病菌和患者机体抵抗力等种种因素不同，出现的症状和体征也各有异。常见的有肛门周围皮下脓肿、坐骨直肠窝脓肿、骨盆直肠窝脓肿、直肠后脓肿，以及结核性脓肿等。这些脓肿除了主要症状有所不同外，一般均半有发热、寒战、便秘、排尿不畅等。
6.外痔发炎：自觉肛门部灼痛、湿痒，便后或活动过多后症状加重。检查时，可见肛门皱襞充血、肿胀，并有少量分泌物。
7.内痔嵌顿：以胀痛、灼痛为主，多由于痔静脉曲张、血络破损、血栓形成，造成组织循环受限而脱出肛门外，无法回纳，好发于40岁以上的中老年人。
8.直肠癌：肛门直肠四面癌肿突向肠腔，致使肛管和肛门边缘变薄，赘积的粪便刺激黏膜产生肛门疼痛。