灰指甲最有效的治疗方法需综合考虑，一般外用药物与口服药物结合效果较好。比如外用阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，坚持使用有一定疗效。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它是一种局部抗真菌药物，能抑制真菌细胞膜的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲及周围皮肤上，每周使用1 - 2次，一般需要连续使用数月才能看到明显效果。环吡酮胺乳膏：同样属于外用抗真菌药，通过改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢过程来发挥作用。使用时涂抹在病甲处，一天可使用1 - 2次，要坚持涂抹，直到新甲长出。
口服抗真菌药物
伊曲康唑：是一种广谱抗真菌药，它可以抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成。一般采用冲击疗法，即连续服用一周，停药三周为一个疗程，通常需要进行2 - 3个疗程，不过在用药前需要检查肝功能，因为它可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬：能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜主要成分麦角固醇的合成，从而发挥杀菌作用。口服特比萘芬一般需要连续服用数月，同样用药前要关注肝功能情况。
手术治疗
病甲清除术：对于病情较轻的患者，可以采用手术拔除病甲的方法。不过手术拔除病甲后，新甲生长需要一定时间，而且术后要注意预防感染，一般适用于单发的灰指甲，术后可能需要配合外用或口服抗真菌药物巩固治疗。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲部位，破坏真菌生存的环境，从而达到治疗灰指甲的目的。激光治疗相对无创，但是可能需要多次治疗才能取得较好的效果，而且费用相对较高。在治疗灰指甲的过程中，要注意保持足部或手部的清洁干燥，避免与他人共用拖鞋、毛巾等物品，防止交叉感染。同时，要坚持按照疗程治疗，因为灰指甲的治疗周期较长，只有坚持治疗才能彻底清除真菌，防止灰指甲复发。