上完厕所尿道疼可能由多种原因引起。比如，尿道炎就比较常见，女性尿道短而直，更容易发生尿道炎，大概有10% - 20%的女性在一生中会有尿道炎发作经历。
尿道炎导致的尿道疼
细菌性尿道炎： 通常是由大肠埃希菌等细菌感染引起，会出现尿道刺痛、尿频、尿急等症状，排尿时尿道疼可能会更明显。非淋菌性尿道炎： 多由衣原体或支原体感染所致，症状相对细菌性尿道炎可能没那么典型，也会有尿道不适、疼痛等表现，部分人尿道会有少量分泌物。
膀胱炎引发的尿道疼
急性膀胱炎： 主要是细菌感染膀胱引起，除了尿道疼，还可能有尿频、尿急，严重时会出现肉眼血尿，一般起病较急。慢性膀胱炎： 多由急性膀胱炎迁延不愈而来，尿道疼症状相对较轻，但会反复出现，排尿终末时尿道疼可能更明显。
泌尿系统结石造成的尿道疼
尿道结石： 如果尿道里有结石，在排尿过程中结石移动可能会刺激尿道，导致尿道疼，还可能伴有排尿困难、尿线变细等情况。膀胱结石： 膀胱里的结石活动时，可能会引起尿道放射性疼痛，同时也会有尿频、尿急等症状，疼痛有时比较剧烈。
其他可能原因
外伤： 尿道受到外力撞击等外伤时，上完厕所也可能会感觉尿道疼，有明确的外伤史是重要线索。过敏： 对某些卫生用品、洗涤剂等过敏，也可能引起尿道局部的炎症反应，出现尿道疼，可能还会伴有尿道周围皮肤的瘙痒、红肿等表现。