慢性咽炎通常是由多种因素共同作用引起的。一般来说，急性咽炎反复发作迁延不愈是导致慢性咽炎的常见原因之一，大约有50%以上的慢性咽炎患者有急性咽炎反复发作的病史。
局部因素导致
邻近器官炎症影响： 鼻腔、鼻窦的炎症，如鼻窦炎，炎性分泌物倒流至咽部，长期刺激可引发慢性咽炎。例如，鼻窦炎患者中约30%左右可能并发慢性咽炎。另外，口腔炎症，像龋齿、牙龈炎等，细菌滋生繁殖，也会波及咽部，导致慢性咽炎。咽部本身病变： 咽部的淋巴组织增生，比如慢性扁桃体炎反复发作，其炎症蔓延至咽部，刺激咽部黏膜及淋巴组织，容易引发慢性咽炎。还有咽部的反流性疾病，胃酸反流至咽部，腐蚀刺激咽部黏膜，长期如此就会导致慢性咽炎，有数据显示，约60%的反流性咽炎患者存在胃酸反流的情况。
全身因素引发
呼吸道慢性炎症： 慢性支气管炎、支气管扩张等呼吸道慢性炎症，其炎症产物不断刺激咽部，从而诱发慢性咽炎。长期患有慢性支气管炎的患者中，慢性咽炎的发生率明显高于正常人。过敏因素： 过敏性鼻炎患者，过敏原刺激鼻腔及咽部黏膜，引起咽部的过敏反应，出现咽部瘙痒、干咳等症状，长期过敏状态可导致慢性咽炎。据统计，过敏性鼻炎患者并发慢性咽炎的比例约为40%。消化系统疾病： 胃食管反流病是常见的消化系统疾病，胃酸、胃蛋白酶等反流至咽部，损伤咽部黏膜，引发慢性咽炎。有研究表明，约70%的胃食管反流病患者会出现咽部不适等咽炎症状。
生活习惯及环境因素影响
不良生活习惯： 长期吸烟的人，烟草中的尼古丁、焦油等有害物质会刺激咽部黏膜，使咽部黏膜充血、水肿，容易引发慢性咽炎。据调查，每天吸烟超过20支的人群，慢性咽炎的患病率比不吸烟者高3 - 5倍。另外，过度饮酒，酒精对咽部黏膜的刺激也较大，长期饮酒者患慢性咽炎的风险增加。还有长期用嗓过度的人群，如教师、歌手等，咽部黏膜频繁受到刺激，容易发生慢性炎症。环境因素： 长期处于空气污染严重的环境中，如工业废气、汽车尾气、粉尘等，这些有害物质会刺激咽部黏膜，导致慢性咽炎。在空气污染指数较高的城市，慢性咽炎的发病率明显高于空气质量好的地区。另外，气候干燥、寒冷的环境，也会影响咽部黏膜的正常功能，容易引发慢性咽炎。比如在寒冷的冬季，室内外温差大，空气干燥，咽部黏膜容易受损，从而增加慢性咽炎的发病几率。