阴茎根部有时有隐痛感觉，可能与以下原因有关：
1.前列腺炎：前列腺位于阴茎根部深处，当前列腺发生炎症时，可能会引起阴茎根部疼痛，同时还可能伴有尿频、尿急、尿痛等症状。
2.精索静脉曲张：精索内蔓状静脉丛的异常扩张、伸长和迂曲，可导致阴囊内温度升高，从而影响精子的生成，也可能引起阴茎根部隐痛，疼痛可放射至腹股沟区、下腹部，劳累或久站后症状加重，平卧休息后症状可缓解。
3.附睾炎：附睾是精子成熟的部位，也是精子储存的场所，如果附睾发生炎症，会导致附睾肿胀、疼痛，疼痛也可能放射至阴茎根部。
4.阴茎硬结症：阴茎海绵体白膜的纤维化病变，使阴茎在勃起时出现弯曲畸形，疼痛可局限于阴茎根部，也可向其他部位放射。
5.其他：阴茎根部的皮肤、肌肉、神经等组织发生病变，也可能引起疼痛，如阴茎根部的外伤、感染、肿瘤等。
如果阴茎根部隐痛的症状持续不缓解，或伴有其他不适，建议及时就医，进行相关检查，如前列腺液检查、精索静脉超声、附睾超声等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。