肝血管瘤的发病原因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先是先天性发育异常，在胚胎发育过程中，血管发育出现异常，导致血管内皮细胞异常增殖，从而形成肝血管瘤，有研究发现约10%的肝血管瘤患者有家族遗传倾向。
先天发育因素
血管发育异常： 在胚胎时期，肝脏的血管发育出现偏差，原本应该正常形成的血管结构发生了改变，使得局部血管内皮细胞过度增殖，逐渐形成肝血管瘤。家族遗传倾向： 有部分肝血管瘤患者存在家族聚集现象，大约10%左右的肝血管瘤患者有家族遗传背景，虽然具体的遗传机制还在研究中，但这提示遗传因素在其发病中可能起到一定作用。
激素影响因素
女性激素相关： 临床上发现女性肝血管瘤患者相对较多，尤其是在青春期、妊娠期等女性激素水平变化较大的时期，肝血管瘤可能会增大。这可能是因为女性激素会对血管的生长产生一定影响，刺激血管内皮细胞增生，从而促进肝血管瘤的形成或发展。比如一些处于妊娠期的女性，原本较小的肝血管瘤可能会在孕期出现增大的情况。口服避孕药影响： 长期口服避孕药的女性，患肝血管瘤的风险可能会有所增加，这也从侧面反映了激素对肝血管瘤发病的影响，避孕药中的激素成分可能会干扰体内正常的血管调节机制。
其他因素影响
肝脏毛细血管感染： 肝脏局部的毛细血管在受到感染等因素影响后，可能会导致血管发生变形，使得血管内皮细胞异常增生，进而形成肝血管瘤。例如肝脏曾有过局部的炎症感染，在炎症修复过程中可能影响了血管的正常结构。肝内区域性血循环异常： 肝内区域性的血循环发生异常，使得血管形成海绵状扩张，血液在局部淤积，逐渐形成肝血管瘤。这种区域性血循环的异常可能与局部的血管结构、血流动力学等因素有关。