输精管疼痛的治疗需先明确病因，不同病因治疗方式不同。一般来说，若是炎症引起的输精管疼痛，可通过药物等方式治疗；若是结石等其他原因导致，则需针对性处理。
炎症导致的输精管疼痛治疗
感染性炎症：
细菌感染引发： 若因细菌感染造成输精管炎症导致疼痛，常用抗生素治疗。比如头孢类抗生素，它能抑制细菌细胞壁合成，从而起到杀菌作用。一般需要根据感染的严重程度来选择用药疗程，通常可能需要用药1 - 2周左右，但具体要遵医嘱。非特异性炎症： 对于非特异性的输精管炎症引起疼痛，除了使用抗生素外，还可配合局部热敷，每次热敷时间可控制在15 - 20分钟，每天可进行3 - 4次，有助于促进局部血液循环，缓解疼痛症状。
结石引起的输精管疼痛治疗
输精管内结石：
如果是输精管内存在结石导致疼痛，较小的结石可以通过多喝水，每天保证饮水量在2000毫升以上，多排尿来尝试促进结石排出。而较大的结石可能需要通过手术取出，手术方式有经尿道镜取石等，但具体手术方式要根据结石的位置、大小等情况由医生评估决定。
其他原因导致的输精管疼痛治疗
外伤因素：
若输精管因外伤出现疼痛，轻度外伤引起的疼痛，可先进行局部冷敷，在受伤后的24小时内进行，每次冷敷10 - 15分钟，每天3 - 4次，起到消肿止痛作用；24小时后改为热敷。如果外伤较严重，如出现输精管断裂等情况，则需要及时进行手术修复。
精索静脉曲张相关：
部分精索静脉曲张可能会牵涉到输精管区域引起疼痛，轻度的精索静脉曲张可以通过穿着紧身内裤来托起阴囊，缓解不适；中重度的精索静脉曲张可能需要进行手术治疗，如腹腔镜下精索静脉高位结扎术等，手术一般需要住院，住院时间大概在3 - 7天左右，但具体情况因人而异。