自体干细胞移植存在一定弊端。一般来说，自体干细胞移植可能面临免疫排斥相关风险等问题。
一、移植过程中的风险
感染风险： 在自体干细胞移植过程中，患者需要经历预处理等阶段，这会使免疫系统受到抑制，在此期间患者发生感染的几率大幅增加。例如，可能会出现肺部感染等情况，一旦感染，治疗难度相对较大。脏器损伤风险： 预处理所使用的药物等可能会对患者的脏器造成损伤。像对肝脏的损伤，可能导致肝功能异常，影响肝脏的正常代谢等功能；对肾脏也可能有影响，出现肾功能减退等情况，据相关研究统计，约有一定比例的患者会出现不同程度的脏器功能受损情况。
二、术后恢复相关弊端
移植后排斥反应： 虽然是自体干细胞移植，但仍可能出现一些类似排斥的情况。比如移植物抗宿主病，这会累及皮肤、肝脏、肠道等多个器官。皮肤表现为皮疹等，肝脏可能出现黄疸等肝功能异常表现，肠道则可能有腹泻等症状，严重影响患者的生活质量，且治疗过程较为复杂。长期并发症： 部分患者在自体干细胞移植术后可能会出现长期的并发症。例如，生殖系统可能受到影响，女性患者可能出现卵巢功能衰退，导致月经紊乱、不孕等问题；男性患者可能出现精子质量下降等情况。另外，还可能增加患第二肿瘤的风险，虽然几率不是特别高，但也是需要关注的一个方面。
三、经济和心理方面的弊端
经济负担： 自体干细胞移植的费用较高。从前期的检查、预处理到后续的治疗、护理等，整体花费可能在数十万元甚至更高。这对于很多家庭来说是一笔沉重的经济负担，可能会因为费用问题限制治疗的开展或者给家庭带来较大的经济压力。心理压力： 患者在经历自体干细胞移植的过程中，心理压力巨大。从对疾病的担忧，到移植过程中的各种不确定性，再到术后恢复的漫长过程以及可能出现的并发症等，患者容易产生焦虑、抑郁等不良情绪。而且整个治疗过程漫长，也会让患者及其家属在心理上承受很大的压力，影响患者的治疗依从性和康复效果。