三叉神经痛是一种常见的脑神经疾病，其发病原因较为复杂。目前认为主要与以下因素有关。
血管压迫因素
血管与神经的异常接触：大约有90%以上的原发性三叉神经痛是由于颅内血管压迫三叉神经导致的。比如小脑上动脉、小脑前下动脉等血管，随着年龄增长，血管会发生一定程度的迂曲、硬化，就可能与三叉神经根部紧密接触，血管搏动时对三叉神经产生压迫刺激，从而引发疼痛。这种血管压迫在中老年人中相对更常见。
神经脱髓鞘改变
髓鞘受损引发异常电信号：三叉神经感觉根的髓鞘如果发生脱失，会使得神经纤维之间的电信号传导出现紊乱。正常情况下，神经传导是有序的，而脱髓鞘后，相邻纤维之间的冲动发生短路，轻微的触觉刺激就可能通过短路转化为疼痛信号，导致三叉神经痛发作。这种脱髓鞘改变可能是多种因素共同作用的结果，比如自身免疫因素、病毒感染等都可能参与其中。
肿瘤等病变因素
占位性病变的影响：颅内的一些肿瘤，像听神经瘤、脑膜瘤、表皮样囊肿等，会对三叉神经造成压迫或刺激，进而引发三叉神经痛。例如听神经瘤，随着肿瘤逐渐生长，会压迫三叉神经，导致神经传导异常，引起面部疼痛。不过这种由肿瘤导致的三叉神经痛相对比较少见，但一旦出现需要积极针对肿瘤进行治疗。
遗传因素
遗传易感性：有研究发现，三叉神经痛可能存在一定的遗传倾向。如果家族中有亲属患有三叉神经痛，那么其他家庭成员患三叉神经痛的风险可能会相对增高。虽然具体的遗传机制还不是完全明确，但遗传因素在发病中起到了一定的作用。不过遗传因素只是增加了发病的可能性，并不是绝对会发病。