甲状腺功能减退若未及时治疗，会带来多方面危害性。据临床统计，约30%左右的患者若长期甲状腺功能减退未纠正，会逐渐出现身体多系统的异常改变。
对代谢系统的影响
基础代谢率降低：甲状腺激素能促进机体产热，维持基础代谢。甲状腺功能减退时，基础代谢率下降，患者会感觉怕冷，即使在较温暖的环境中也比常人更易觉得寒冷。而且身体消耗能量减少，可能导致体重增加，有的患者体重会在数月内增加5~10公斤不等。血脂代谢异常：甲状腺激素对血脂代谢有调节作用，甲状腺功能减退会引起血脂中的低密度脂蛋白胆固醇等升高，增加动脉粥样硬化的风险，长期下来可能使冠心病等心血管疾病的发病几率升高。
对心血管系统的影响
心率减慢与心输出量减少：甲状腺激素不足会使心率减慢，正常人心率一般在60~100次/分，甲状腺功能减退患者心率可能降至50次/分左右。同时心输出量减少，心脏泵血功能减弱，患者会出现胸闷、气短等症状，严重时可能引发心包积液，超声检查可发现心包内有一定量的积液积聚。血压变化：部分患者还可能出现舒张压升高的情况，影响心血管的正常压力状态，进一步加重心脏负担。
对神经系统的影响
记忆力减退与精神萎靡：甲状腺激素对神经系统的发育和功能维持很重要，甲状腺功能减退患者常表现为记忆力下降，尤其是近期记忆力减退明显，比如经常忘记刚做过的事情。还会出现精神萎靡、嗜睡的症状，每天睡眠时间可能较常人延长2~3小时以上，且精神状态不佳，对周围事物缺乏兴趣。神经肌肉症状：患者可能有肌肉乏力的表现，尤其是四肢肌肉，上楼、抬手等动作会感觉吃力。严重时还可能出现跟腱反射减退，通过检查跟腱反射时长会发现明显延长。
对消化系统的影响
胃肠蠕动减慢：甲状腺功能减退会使胃肠蠕动速度变慢，患者容易出现便秘症状，有的患者每周排便次数少于3次，且大便干结难解。同时消化功能减弱，可能导致食欲减退，进食量比正常时减少，长期如此会影响营养物质的摄入，造成营养不良。