眼睛出现结膜结石时，若没有明显症状通常无需特殊治疗，若有异物感等不适，可在表面麻醉下用消毒针头或刀片剔除，一般几分钟就能完成操作。
无症状时的处理
观察为主： 如果结膜结石较小，没有引起眼部不适症状，通常不需要进行特殊治疗，只需定期观察结石的变化情况即可。比如每1-3个月到眼科复查一次，通过裂隙灯检查来查看结石是否有增大、增多等变化。注意用眼卫生： 平时要注意保持眼部的清洁，避免用手揉眼睛，防止细菌等病原体感染眼部，因为眼部感染可能会促使结膜结石进一步发展。
有症状时的剔除操作
表面麻醉： 医生会先给眼睛滴入表面麻醉剂，如丙美卡因滴眼液，一般1-2分钟后就能起到麻醉效果，让眼部感觉不到明显疼痛。剔除过程： 接着使用消毒后的针头或者刀片，将突出于结膜表面的结石剔除掉。整个过程相对比较快，一般几分钟就能完成。剔除后可能会给眼睛滴一些抗生素眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，来预防感染。
剔除后的注意事项
避免刺激眼睛： 剔除结石后的一段时间内，要避免眼睛受到外界的刺激，比如不要长时间看手机、电脑屏幕，避免灰尘、烟雾等进入眼睛。按时用药： 按照医生的嘱咐按时使用抗生素眼药水，一般需要使用3-5天，不要自行停药，防止眼部感染复发。定期复查： 剔除结石后要按照医生约定的时间进行复查，通常在剔除后的1周左右复查，查看眼部恢复情况，比如是否有感染、结石是否复发等。