氨糖软骨素一般建议饭后吃。因为这类药物可能会对胃肠道有一定刺激，饭后服用能减少对胃黏膜的刺激。比如有部分人空腹吃氨糖软骨素可能会出现恶心、胃部不适等情况，而饭后吃相对更友好。
个体差异影响服用时间
胃肠功能较好者：如果本身胃肠功能比较强健，在饭后半小时左右服用氨糖软骨素也可以，但相对来说，饭后立即吃可能还是更稳妥。不过即使胃肠功能好，也不建议空腹吃这类药物。胃肠功能较弱者：对于本身有慢性胃炎、胃溃疡等胃肠疾病的人，更要严格选择饭后吃。最好是在进食半小时到一小时后服用，这样能最大程度降低药物对胃肠的刺激，减少出现胃部不适症状的几率。
与其他药物服用时间的关系
与抑酸药同服：如果正在服用抑酸药，比如奥美拉唑等，那么氨糖软骨素的服用时间可能需要适当调整。一般建议氨糖软骨素与抑酸药间隔1 - 2小时服用，避免两种药物在胃肠道内相互影响吸收。因为抑酸药会改变胃肠道的pH值，可能会对氨糖软骨素的吸收产生一定作用。与补钙剂同服：当同时在补充钙剂时，氨糖软骨素的服用时间也需要留意。通常可以将氨糖软骨素和钙剂间隔开来服用，比如早上吃钙剂，晚上吃氨糖软骨素，或者根据具体情况咨询医生，让两种药物能更好地发挥作用，又不互相干扰。
不同剂型的影响
片剂氨糖软骨素：普通的片剂氨糖软骨素，不管是薄膜衣片还是糖衣片，都建议饭后吃。因为食物可以缓冲药物在胃内的浓度，减少对胃黏膜的直接刺激，有助于药物的吸收和减少胃肠道不良反应。胶囊型氨糖软骨素：胶囊型的氨糖软骨素同样建议饭后吃，胶囊外壳在胃内溶解，里面的药物成分释放出来，饭后服用能降低药物对胃黏膜的刺激风险，让药物更平稳地在胃肠道发挥作用，帮助补充软骨相关营养等功效。