肛周湿疹可以使用的药物有很多，一般可以分为外用糖皮质激素、钙调磷酸酶抑制剂、收敛止痒剂等。一般来说，根据病情轻重选择合适的药物，大部分患者经过规范用药能得到改善。
外用糖皮质激素
弱效糖皮质激素： 如氢化可的松软膏，适用于面积较小、症状较轻的肛周湿疹，一般连续使用不宜超过2周。它可以减轻炎症反应，缓解瘙痒等症状。中效糖皮质激素： 像糠酸莫米松乳膏，对于中度肛周湿疹有较好的疗效。使用时要注意避免长期大面积使用，以免引起皮肤萎缩、毛细血管扩张等不良反应，通常连续使用不超过4周。
钙调磷酸酶抑制剂
他克莫司软膏： 尤其适合面部、颈部等皮肤薄嫩部位的肛周湿疹，也可用于成人肛周湿疹。它通过抑制钙调磷酸酶活性，减少炎症介质释放来发挥作用，使用初期可能有局部灼热感，一般能逐渐耐受。吡美莫司乳膏： 同样适用于轻度至中度的肛周湿疹，不含有激素，长期使用安全性相对较高，但起效相对较慢，需要坚持使用一段时间才能看到明显效果。
收敛止痒剂
氧化锌软膏： 有收敛、保护皮肤的作用，可用于肛周湿疹有渗出或轻度瘙痒的情况。它能在皮肤表面形成一层保护膜，减轻外界对皮肤的刺激，而且刺激性较小，婴幼儿肛周湿疹也可使用。炉甘石洗剂： 具有止痒、收敛的功效，可用于肛周湿疹瘙痒明显但无渗出的阶段。使用前需摇匀，然后涂抹在患处，涂抹后局部可能会有短暂的清凉感。但如果皮肤有破损则不宜使用。