脑干损伤的恢复与治疗较为复杂，一般需要综合多种手段。早期治疗中，降低颅内压是重要环节，常用甘露醇等药物来减轻脑水肿，通常在发病后的24小时内可能就会开始使用这类脱水药物来控制颅内压。
急性期的综合治疗
生命体征维持： 要密切监测患者的呼吸、心跳、血压等生命体征。如果患者呼吸不稳定，可能需要进行气管插管及机械通气来维持呼吸功能。对于心跳、血压异常的情况，需及时采取相应措施进行调整。控制脑水肿： 除了使用甘露醇外，还可能会用到呋塞米等药物辅助降低颅内压。一般会根据患者的具体情况来调整药物的使用剂量和频率，以减轻脑干周围的水肿对脑干的压迫。
康复治疗阶段
物理治疗： 包括关节活动度训练、体位变换等。例如，每天要定时为患者进行肢体的被动关节活动，防止关节僵硬和肌肉萎缩，一般每天可进行2 - 3次，每次每个关节活动5 - 10分钟左右。还需要定时为患者翻身、拍背，预防压疮和肺部感染。高压氧治疗： 一般在患者病情稳定后可以考虑高压氧治疗，通常需要进行多个疗程，每个疗程一般包括多次高压氧舱内的治疗，通过提高血氧含量，促进脑干神经细胞的修复和再生。
营养支持方面
营养供给： 要保证患者有充足的营养摄入，对于不能自主进食的患者，可能需要通过鼻饲或胃肠造瘘等方式来提供营养。一般每日需要保证足够的蛋白质、碳水化合物、维生素等营养物质的供给，蛋白质摄入量一般建议每公斤体重1.0 - 1.5克左右，同时要注意保持水、电解质平衡。营养制剂选择： 根据患者的具体营养状况选择合适的营养制剂，如果患者存在胃肠道功能障碍，可能需要选择肠内营养制剂中的特殊配方，如富含短肽的肠内营养制剂等。
并发症预防与处理
肺部感染预防： 除了前面提到的翻身、拍背外，还要注意保持患者呼吸道通畅，定期吸痰。如果发生肺部感染，需要根据痰培养和药敏试验结果选用敏感抗生素进行治疗。泌尿系统感染预防： 对于留置导尿管的患者，要定期更换尿管，严格进行尿道口护理，一般每周更换尿管1次。如果发生泌尿系统感染，同样需要根据药敏结果选用合适的抗生素进行治疗。