深呼吸时会咳嗽的原因通常包括以下几种：
一、吸入冷空气：如果个人肺活量较小，在深呼吸时吸入冷空气，就可能使气管受到刺激，引发气管痉挛，进而导致深呼吸时咳嗽。这种情况一般无需特殊治疗，日常外出时可佩戴口罩以避免吸入冷空气。
二、咽炎：平时喜爱食用辛辣、刺激食物或长期吸烟等，可能导致咽部受刺激而引发咽炎。深呼吸时，吸入的空气会使咽部黏膜受到刺激，从而引起咳嗽。患者应平时多喝水，避免抽烟喝酒，多食用新鲜蔬菜和水果。治疗上可在医生指导下服用蓝芩口服液、盐酸氨溴索口服溶液、复方鱼腥草胶囊等药物。
三、支气管炎：多是由支气管黏膜受到病毒或细菌感染引起。若患有支气管炎，炎症刺激局部会导致局部充血、肿胀，深呼吸时气流不能顺畅通过支气管，从而引发咳嗽。患者需在医生指导下服用罗红霉素片、阿莫西林胶囊、左氧氟沙星片等药物进行治疗，也可通过超声雾化的方式来改善。
总之，当出现深呼吸时咳嗽的情况，需要结合自身具体情况，必要时寻求专业医生的帮助，以便明确原因并进行针对性治疗。