自体脂肪丰下巴存在一些缺点，比如成活率有一定限制，一般来说，移植的脂肪成活率大概在30%~70%左右，部分情况可能需要二次甚至多次填充才能达到理想效果。
效果维持时间有限
自体脂肪填充到下巴后，脂肪会有吸收的情况。虽然存活下来的脂肪理论上是永久的，但由于个体差异以及自身身体代谢等因素影响，不能保证所有存活的脂肪一直都能维持很好的下巴形态，可能随着时间推移，下巴外观会有一定程度的变化，需要后续考虑再次填充来维持效果。
可能存在外观不自然情况
如果医生技术不够娴熟，在填充过程中脂肪注射不均匀，可能会导致下巴外观看起来不自然，比如出现局部凹凸不平的现象。而且自体脂肪填充量如果把握不好，填充过多会让下巴显得过于臃肿，不符合面部整体审美比例；填充过少则达不到理想的丰下巴效果。
有一定恢复期及风险
手术有一定恢复期，术后下巴部位可能会有肿胀、疼痛等情况，一般需要1~2周左右肿胀才会逐渐消退，但完全恢复自然可能需要1~3个月。另外，还存在感染的风险，虽然概率较低，但一旦发生感染，就会影响手术效果，还可能需要进行抗感染治疗等处理。同时，对于一些特殊人群，比如患有严重心脑血管疾病、凝血功能障碍的人并不适合做自体脂肪丰下巴手术，否则会增加手术风险。