宝宝早晨起来咳嗽有痰，可能与支气管炎、小儿肺炎、上呼吸道感染有关。
一、支气管炎：
支气管炎是多种原因引发的支气管炎症反应。这主要是因为宝宝免疫功能下降，抗病毒能力减弱，使得病原微生物得以入侵而引发炎症。气道的高反应性导致宝宝在早晨容易出现咳嗽有痰的情况。治疗上通常需在医生指导下使用抗生素（如阿莫西林）、止咳化痰类药物（如小儿止咳化痰口服液）等。
二、小儿肺炎：
小儿肺炎是常见的呼吸道系统疾病，其发生和病原微生物感染相关，常见致病菌包括金黄色葡萄球菌、肺炎链球菌、呼吸道合胞病毒、流感病毒等。该疾病会带来咳嗽、咳痰、发热等症状，进而致使宝宝早晨起来咳嗽有痰。一般的治疗方法为给予抗菌、抗病毒、化痰类药物，如阿莫西林、利巴韦林、布地奈德、氨溴索片等。
三、上呼吸道感染：
多因宝宝免疫功能降低，抗病毒能力不足，导致原本存在于上呼吸道或从外部侵入的病菌在体内大量繁殖而引起上呼吸道感染。由于早上病原微生物较为活跃，所以会造成宝宝早晨起来咳嗽有痰。治疗时通常要给予抗生素（如阿奇霉素）、化痰类药物（如桃金娘油提取物）等。
总结概括提示：宝宝早晨咳嗽有痰可能由多种疾病引起，具体包括支气管炎、小儿肺炎、上呼吸道感染等，不同疾病的病因和治疗方法有所不同，需根据实际情况进行针对性治疗。