小儿秋季腹泻不存在最佳治疗方法，一旦发现患病需及时到当地正规医院小儿消化科就诊，由医生指导进行治疗，切不可自行用药，以免引发不良后果。具体治疗措施如下：
一、一般治疗
1.适当增添小儿衣物，避免其受凉导致胃肠道不适而加重秋季腹泻症状。
2.增加温水的摄入量，以满足机体需求。
二、药物治疗
小儿秋季腹泻大多由轮状病毒感染引起，需针对性进行治疗。
1.可在医生指导下使用药物，如蒙脱石散可起到保护肠黏膜的作用，双歧杆菌三联活菌肠溶胶囊能平衡肠道菌群。
2.同时进行口服补液治疗，推荐使用标准枸橼酸钠口服补液盐。轻中度脱水的小儿需补足脱水量后继续维持补液；用于预防脱水时，可在每次腹泻后进行补液，直到症状停止。口服补液可能会出现轻度恶心、呕吐等不良反应，饭后服用可减轻对胃的刺激。
由于小儿秋季腹泻主要集中在秋冬季节爆发，其主要易感人群为6个月至2岁的婴幼儿，且年龄越小发作几率越大，所以必须及时采取有效治疗以控制症状，避免出现如发热、脱水、电解质紊乱、休克等其他并发症，防止导致营养不良、生长发育迟缓等不良后果。