睡醒喉咙有痰可能由多种情况引起。一般来说，上呼吸道感染后，可能会持续1 - 2周出现晨起喉咙有痰的情况。
一、生理性因素
空气干燥导致： 如果室内空气过于干燥，湿度低于40% - 60%的适宜范围时，鼻腔和咽喉部的黏膜会分泌更多黏液来保持湿润，经过一夜的积累，晨起就可能感觉喉咙有痰。睡眠姿势不当： 有些人睡觉喜欢趴着或者侧着睡，长时间保持这种姿势可能会使呼吸道分泌物积聚在喉咙部位，晨起时就会感觉有痰。比如长期侧睡的人，一侧呼吸道的分泌物更容易在体位影响下聚集。
二、病理性因素
（一）慢性咽炎
炎症刺激： 慢性咽炎患者的咽喉部黏膜长期处于炎症状态，会分泌较多的黏液，从而导致晨起喉咙有痰，这种情况可能会持续数月甚至更长时间。一般病程超过3个月就可考虑为慢性咽炎引起。伴随症状： 除了晨起有痰外，还可能伴有喉咙干痒、异物感等症状。
（二）鼻窦炎
鼻腔分泌物倒流： 鼻窦炎患者鼻腔内会产生大量脓性或黏性分泌物，夜间睡觉时，这些分泌物会倒流至咽喉部，晨起时就会感觉喉咙有痰。鼻窦炎的病程如果超过12周，就属于慢性鼻窦炎。相关表现： 同时可能还伴有鼻塞、头痛、嗅觉减退等症状。
（三）下呼吸道疾病
支气管炎： 急慢性支气管炎患者，支气管黏膜受到炎症刺激，会分泌增多的痰液。急性支气管炎一般病程在3周以内，慢性支气管炎则是每年发病持续3个月以上，连续2年或2年以上。晨起时由于体位改变，痰液会刺激喉咙产生有痰的感觉。肺炎： 肺炎患者肺部炎症会导致肺泡和支气管内分泌物增多，也会出现晨起喉咙有痰的情况，同时可能伴有咳嗽、发热等症状，肺炎的病程根据病情轻重有所不同，轻者可能1 - 2周恢复，重者可能需要数周甚至更长时间治疗。