扁平疣的去除主要根据具体情况而定，多数以物理治疗为主。扁平疣是由人乳头瘤病毒hpv感染引起，而hpv目前尚无特效药物，所以治疗主要依靠物理手段，如液氮冷冻或二氧化碳激光等。
一、液氮冷冻或二氧化碳激光治疗：
1.通常一次治疗难以完全清除，一方面可能存在未清理干净的情况，另一方面即便已将长出的清理干净，周围仍可能长出新的扁平疣，所以需要重复进行治疗。
二、特殊情况处理：
1.当扁平疣突然大量增多，或是数量本身极多，如脸上有几十个甚至上百个时，仅靠物理治疗可能损伤较大，此时在物理治疗基础上，可注射干扰素，口服异维A酸胶丸，能显著增强治疗效果并减少复发。
总之，扁平疣的治疗多数为物理治疗，对于部分病情特别严重的可能需要配合增强免疫力的治疗或口服一些相关药物。