新生儿血管瘤的病因目前尚未完全明确，但有一些相关因素被认为可能与之有关。一般认为新生儿血管瘤的发生可能与多种因素相关，其中血管生成相关因素是较为重要的方面。
胚胎发育因素
血管形成调控异常： 在胚胎发育早期，血管形成过程中一些调控因子出现异常可能导致新生儿血管瘤。例如，血管内皮生长因子（VEGF）等相关因子的表达或功能异常，可能影响血管的正常发育，使得局部血管异常增殖形成血管瘤。研究发现，在血管瘤组织中VEGF的表达水平往往高于正常组织。遗传因素影响： 遗传因素也可能参与其中。有一定的家族聚集性现象被观察到，若家族中有亲属曾患血管瘤，那么新生儿患血管瘤的风险可能相对较高。虽然具体的遗传机制还在进一步研究中，但遗传易感性在新生儿血管瘤的发生中起到一定作用。
激素相关因素
雌激素水平影响： 雌激素可能与新生儿血管瘤的发生有关。在新生儿体内，雌激素水平的变化可能对血管的生长产生影响。有研究表明，女性新生儿患血管瘤的概率相对略高一些，可能与女性体内雌激素相关的生理特点有一定关联。在血管瘤组织中也发现存在雌激素受体，雌激素可能通过与这些受体结合，促进血管内皮细胞的增殖等，从而导致血管瘤的形成。孕激素相关作用： 孕激素也可能参与其中。孕激素水平的异常变化可能影响血管的状态，在血管瘤的发生发展过程中起到一定作用。不过具体的孕激素与新生儿血管瘤之间的详细作用机制还有待更深入的研究来明确。
其他可能因素
早产与低出生体重： 早产和低出生体重的新生儿患血管瘤的风险相对较高。有数据显示，早产婴儿（胎龄小于37周）以及低出生体重儿（出生体重小于2500克）中血管瘤的发生率比足月儿和正常出生体重儿要高。可能是因为早产和低出生体重儿在胚胎发育阶段受到的影响更多，导致血管发育过程出现紊乱，进而容易引发血管瘤。血管生成相关细胞异常： 血管生成过程中涉及的内皮细胞等细胞出现异常也可能导致新生儿血管瘤。例如内皮细胞的增殖、迁移等功能出现异常调控，使得局部血管过度增殖形成血管瘤。一些细胞信号通路的异常激活可能影响内皮细胞的这些生物学行为，从而促使血管瘤的发生。