甲状腺肿大的治疗方法需根据病因等情况来定。一般来说，对于单纯性甲状腺肿，若甲状腺轻度肿大且无症状，可暂时观察，也可适当补充碘剂，比如沿海地区居民因碘摄入充足，甲状腺肿大发生率相对低；而对于由甲亢、甲减等疾病引起的甲状腺肿大，则需针对原发病进行治疗。
针对病因治疗
由甲亢引起的甲状腺肿大：如果是Graves病导致的甲状腺肿大伴甲亢，可使用抗甲状腺药物，如甲巯咪唑，它能抑制甲状腺过氧化物酶活性，减少甲状腺激素合成。但甲巯咪唑可能会引起粒细胞减少等不良反应，用药期间需定期监测血常规。由甲减引起的甲状腺肿大：若是甲减导致的甲状腺肿大，需服用左甲状腺素钠片进行替代治疗，补充体内缺乏的甲状腺激素，使甲状腺功能恢复正常，一般需要长期服药，且服药期间要定期复查甲状腺功能，调整药物剂量。
手术治疗情况
有压迫症状时：当甲状腺肿大压迫气管、食管或喉返神经等，出现呼吸困难、吞咽困难或声音嘶哑等症状时，通常需要进行手术治疗。比如肿大的甲状腺压迫气管，影响正常呼吸，此时手术切除肿大组织可缓解压迫症状。怀疑恶变时：如果甲状腺肿大怀疑有恶变倾向，如超声检查发现甲状腺结节边界不清、形态不规则、有微钙化等可疑恶性征象时，也需要考虑手术切除，进一步进行病理检查明确性质。
其他治疗方式
放射性碘治疗：对于一些甲亢引起的甲状腺肿大，也可考虑放射性碘治疗。利用放射性碘被甲状腺摄取后释放出β射线，破坏甲状腺组织细胞，减少甲状腺激素产生。但放射性碘治疗可能会导致甲减，一旦出现甲减需终身服用甲状腺激素替代治疗。不过，这种治疗方式适用于合适的甲亢患者，比如药物治疗效果不佳或复发的患者等。